Le CECI est présent dans la région des Grands Lacs africains depuis les années 1980. Il y a mené des projets régionaux au Rwanda, au Burundi et en République démocratique du Congo, de promotion de la démocratie et des droits de la personne, d’appui au développement démocratique et à la gouvernance, et de lutte contre les violences faites aux femmes.
Le CECI est aussi intervenu au Rwanda pour soutenir la reconstruction à la suite du génocide des Tutsis en 1994.
